Piante carnivore e convergenza evolutiva

Cephalotus follicularis è una pucciosissima piantina carnivora dell’Australia. É una cugina abbastanza lontana di altri generi di piante carnivore, e ha la peculiarità di produrre sia foglioline normali noiose e fototosintetiche, sia l’ascidio, quella caraffa piena di morte dove vengono intrappolati e lentamente digeriti gli insetti per prendere il loro preziosissimo azoto.

Uno stile di vita carnivoro si è evoluto indipendentemente in famiglie di pianti differenti, anche poco imparentate. Le somiglianze tra piante carnivore sono il risultato di convergenza evolutiva, non di eredità comune: non c’è stato un antenato comune che si è evoluto per digerire con insetti, ma diversi generi di pianta sono arrivati per vie diverse a questo stile di vita, che richiede queste forme simili.

CEphalotus follicularis e il filogramma delle principali piante carnivore con ascidio

Photocredits: immagine 2a dal paper in bibliografia e fotografia di Dom1234 via DeviantArt

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Una quantità ragionevole di domande e risposte su CRISPR-Cas9

*a meno che non siate biologi/biotecnologi, in tal caso è sta roba non è neanche vagamente abbastanza.

Ci sono già un milione di articoli divulgativi su sto tema, fatti più o meno bene; volevo però un archivio con qualcosa che sia che salti fuori un quindicenne interessato che uno che fa la magistrale di biotecnologie, posso copiargli parti diverse di sto articolo, e qualcosa ci capisce.

Ragion per cui la forma è in botta & risposta, potete vedere quello che vi interessa di più saltando qui e là. Se cliccate sulla domanda, si apre la tendina sotto con la risposta.

NB: Work in progress. Ci sono tante altre domande che conto di aggiungere qui (Tipo, roba su cos’è un gene drive, qualcosa sulla regolamentazione, qualcosa su uso somatico vs embrionale, le PGM con CRISPR, una breve storia delle scoperte rilevanti che non sia scritta da uno che deve vincere un processo sulla parternità e ha giganteschi conflitti di interesse in merito, e anche altre cose, ma volevo qualcosa di scritto oggi con una bibliografia per la live su link2universe. L’altro lato positivo è che così effettivamente posso fare crowdsourcing delle domande).
Ma insomma, cos'è sto CRISPR?

 

CRISPR (si legge crisper) o meglio, CRISPR-Cas9, è una nuova rivoluzionaria tecnica di ingegneria genetica che, utilizzando pezzi presi dal sistema immunitario dei batteri, permette di tagliare qualsiasi pezzo di qualsiasi genoma di qualsiasi organismo con una precisione superiore a qualsiasi altra tecnica mai scoperta. Si può usare in vitro, in cellule, in vivo, su tutto dai virus alle piante all’uomo. Costa pure poco, e la combinazione di ste due ne ha già fatto, a 5 anni dalla sua scoperta, una delle tecniche più rivoluzionarie nella storia della biotecnologia.

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Giocando a carte con la Regina Rossa

Per il Darwin Day 2017, il Museo di Civico di Storia Naturale di Milano ha deciso, visto il successo delle collaborazioni negli anni precedenti, di affidare uno dei laboratori a Italia Unita X la Scienza. Fin qui, tutto bene. Se non fosse che IUXS ha poi deciso di affidare quei poveri liceali al sottoscritto.
Questa è una spiegazione espansiva del razionale e delle regole del “gioco educativo” del laboratorio, che è largamente basato su questa pubblicazione.

Giocando a carte con la Regina Rossa

Ci sono, francamente, un botto di cose sbagliate in come la maggior parte dei libri di testo per i licei trattano la teoria dell’evoluzione, e come generalmente viene insegnata. Al di là del solito “troppo poco” che tutti gli specialisti reclamano per la propria materia (Più italiano! Più inglese! Più matematica!) il problema è che la teoria dell’evoluzione è terribilmente complicata, ma seduttivamente semplice. Mentre c’è il terrore dell’algebra difficilissima c’è molto più pressapochismo su come si insegna l’evoluzione e i suoi processi; pressapochismo che, alla lunga, genera un sacco di confusione.

Due delle concezioni erronee più comuni sono l’idea che l’evoluzione è teleologica verso un miglioramento, cioè che in qualche modo esistano specie “più evolute” e “meno evolute”/che l’evoluzione ha una direzione complessiva, e l’idea che l’evoluzione sia sempre geologicamente lenta.

Queste due convinzioni vengono spazzate via quando si comincia a pensare a certi fenomeni come co-evoluzione. Quando si tratta di co-evoluzione, specialmente tra un parassita è un ospite, si può vedere come è il costante rapporto reciproco che influenza la direzione e la velocità dell’evoluzione, che, per di più, non si ferma mai. Da cui: l’ipotesi della regina rossa.

Ma insomma sta “Ipotesi della Regina Rossa” che è?

A essere fiscali e fiscalissimi il termine ” Ipotesi della Regina Rossa ” si riferisce a due idee, seppur strettamente correlate. L’idea originale viene da Leigh Van Valen che, nel 1973, propose una “nuova legge” per l’evoluzione. In brevissimo, l’idea era che quando abbiamo due specie che si coevolvono strettamente (es. un parassita e un ospite), il cambiamento improvviso in una specie può causare improvvisamente l’estinzione dell’altra, e tale probabilità di estinzione è più o meno indipendente da quanto tempo esistono le due specie.
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Come comunicare la scienza efficacemente – Un bigino

Se il vostro buon proposito per il 2017 è imparare a fare comunicazione scientifica un pochetto meglio, mi chiedo cosa ci facciate qui: ci sono poche persone che hanno meno da insegnare di me in merito. Per fortuna io non sono in cattedra a sto giro.

Lo scorso dicembre, l’Accademia Nazionale delle Scienze Americana ha pubblicato un libello maneggevole di 127 pagine, una via di mezzo tra una guida su come comunicare la scienza in maniera efficace e una serie di obiettivi per chi si occupa di ricerca proprio in quell’ambito. Da lì il titolo, “Communicating Science Effectively: A Research Agenda”. (Potete scaricare aggratisse il preprint come guest, basta un email)

Questo post sarà una versione in italiano e un recap del sopracitato pamphlet, con il sottoscritto che per una volta stringerà i denti tenendo al minimo opinioni non richieste (le riconoscete perché sono in corsivo). Quando posso, i link bibliografici sono in open access o a pre-print, ma purtroppo non tutto è accessibile senza credenziali universitarie. Siccome sto riassunto è comunque voluminoso, se non volete la scomodità del browser potete scaricare una versione in pdf fatta maluccio qui.

Capitolo 1: Usare la Scienza per migliorare la Comunicazione della Scienza

La maggior parte della divulgazione scientifica si basa sull’assunto: “beh, se comunichiamo bene, il pubblico capirà meglio le questioni in cui la scienza ha voce in capitolo e avrà un atteggiamento più scientifico nell’affrontare i problemi”. Questo assunto è puramente un assunto: non ci sono prove che quello che è vero per altri tipi di comunicazioni sia trasferibile alla comunicazione scientifica, specialmente quando si tratta di temi controversi, e la scienza della comunicazione della scienza è roba nuova ed emergente e frammentata. L’assunto è vero o falso? Boh, non lo sappiamo.

Quell’assunto però in realtà nasconde che sotto il titolo “Comunicare la Scienza” stanno un sacco di possibili obiettivi prossimali e finali diversi, ad esempio:

  • Condividere le novità e l’entusiasmo per la scienza, aka il metodo Cheerleader progressista
  • Convincere il pubblico che la scienza è un modo utile di comprendere e navigare il complesso mondo moderno, aka “se ci pensi bene lo scientismo è una buona ideologia”
  • Aumentare la comprensione della scienza e delle conoscenze base per prendere specifiche decisioni, aka il metodo Bertrand Russell “di fronte a qualsiasi problema o nuova filosofia guarda solo ed esclusivamente ai fatti”
  • Influenzare opinioni, decisioni politiche e comportamenti di modo che siano in accordo con le evidenze scientifiche, aka “ma guarda che non lo dico io, lo dice la Scienza ™”
  • Convincere a partecipare alla discussione scientifica gruppi normalmente distanti per trovare soluzioni condivise a problemi collettivi aka un transumanista, un creazionista e un anarco-primitivista si mettono a fare un fishbowl su CRISPR

Qualunque sia il fine ultimo, la comunicazione tra la scienza e il pubblico può ovviamente portare a controversie. A tal proposito è importante quindi rendersi conto che non tutte le controversie scientifiche sono indesiderabili; siccome non siamo vulcaniani, nessuna decisione è mai genuinamente esclusivamente scientifica e se si vuole una scienza sana e la fiducia del pubblico è necessario essere disposti a negoziare, discutere di questioni di valore, fare trade-offs, menate varie. Di come parlare al pubblico quando ci sono controversie pre-esistenti ne parliamo poi nel capitolo 3. Per ora basti sapere che una delle poche cose che son chiare riguardo la scienza della comunicazione della scienza è che quando le cose NON sono ancora controverse la comunicazione scientifica è più efficace se gli scienziati discutono alla pari con il pubblico.

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Le stelle sopra Milano – Infografica

Eh niente, per Space Up Milan (Che è stato il 5-6 NOVEMBRE, sigh) volevo fare un infografica poca sostanza tutto sharebait per fare pubblicità, ma siccome sono un bradipo l’ho finita ora.

(Cliccate per full res che ridotto è più brutto e sgranato di quanto dovrebbe essere)
infograficanightskymaybefinalE’ anche visivamente bruttina, ma io sono così disgrafico che l’ultima volta che ho provato a disegnare un uovo mi sono rotto il menisco.

Ovviamente, mai e poi mai il cielo notturno sopra Milano lo vedreste così. Cioè, nell’animazione ci sono tutte le stelle con magnitudine apparente almeno 5, che, in teoria, è più o meno il limite di visibilità a occhio nudo. E vabbé, c’è anche lo spettro della via lattea che fa scena e dà meglio il senso di rotazione. Tra inquinamento luminoso, smog, generale clima padano, etc, un cielo notturno così sopra milano esiste solo nei sogni più reconditi degli astrofili.

Al di là di tutte ste menate, spero che l’infografica almeno renda chiaro un punto. Perché, almeno nella mia minuta esperienza, chiunque abbia mai tirato su il naso al cielo sa che il cielo dallo stesso posto cambia nel corso della notte, perché le stelle “sorgono e tramontanto” (più precisamente la terra gira); e che se ci si muove lungo la latitudine terrestre la volta celeste cambia (c’era uno schemino nell’angolino ma l’ho cassato in quanto minuscolo e incomprensibile se non sapevi già il concetto. E ingrandire di più l’immagine era sbattone). Che nello stesso posto, alla stessa ora, durante l’anno, le “stelle fisse” visibili cambino dovrebbe essere più o meno intuitivo allo stesso modo, ma mentre nessuno ha obiezioni coi moti millenari, quando dico cose simili a profani ricevo spesso occhiate sbilenche.

Come da angolino in basso a destra, la posizione delle stelle viene da Yoursky di John Walker; la posizione della via lattea l’ho invece calcolata con Stellarium, mentre i colori della medesima sono un po’ a caso ma rubati con lo strumento contagocce da foto in ottico della nostra galassia.

E niente, è stato un lavoraccio e non farò mai più un infografica per il resto dei miei giorni.

Le Vestiges e l’origine delle pseudoscienze

In 1844, Robert Chambers, un autore ed editore scozzese, pubblicò un libro di storia naturale, Vestiges of The Natural History Of Creation (tradotto in italiano in tiratura assai limitata come Storia Naturale della Creazione) in forma totalmente anonima.

Il frontespizio della prima edizione

Il frontespizio della prima edizione

Nel libro, Chambers sostiene che tutti gli organismi, inclusi gli esseri umani, sono il risultato di un lungo, lento processo di sviluppo da materia inorganica verso forme primitive e via via più complesse. Nella sua opera Chambers ricicla pezzi da ogni sorta di fonte, dalla nascente geologia al tradizionale folklore britannico, passando per i filosofi naturali illuministi. Da Kant e Laplace ad esempio prende in prestito l’ipotesi delle nebulose, sostenendo che l’universo intero si era condensato da semplice gas; descrive come la condensa sui vetri sgocciolando forma strutture indistinguibili dalle felci; narra di come riesce a far nascere insetti da scintille elettriche, e di come gli esseri umani non sono la forma finale di questo processo di, ehm, evoluzione, ma che una futura “razza superiore” potrebbe sostituirci. Il libro, anche grazie ad una scrittura considerata brillante, fu un grande successo editoriale e di pubblico, ma detiene anche un interessante primato: è uno dei primi libri nella storia ad essere descritto con il termine pseudoscienza.

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Il gioco del cURLink – Links Settembre 2016

Dicevano che era impossibile fare un gioco di parole con URL e Link contemporaneamente! (avevano ragione). Ma ora via, cose gustose che forse non avete visto altrove dal mese di settembre:

Parlando di cose gustose e giochi di parole squallidi: il primo pasto a base di Crispr al mondo (che sappiamo quantomeno) è stato un piatto di tagliatelle con verdure “CRISPRy”. Il gene deletato, visto che l’articolo non lo riporta, è psbS

In una evento senza precedenti, il Karolinska Institut (quello che in sti giorni sta dando via i nobel) ha completamente decapitato l’intera gerarchia cacciando in blocco i suoi amministratori per via del caso Macchiarini

A settembre in Cina ha aperto la China National Genebank, una location del tutto modesta.

A Settembre ha anche aperto in Cina ha aperto la China National Genebank, una location del tutto modesta tirata su con due spiccioli proprio.

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Qualche opinione non richiesta sull’acquisizione Bayer-Monsanto

Dopo diversi mesi di trattative, ieri la Bayer ha annunciato l’accordo per l’operazione d’acquisto della Monsanto, un operazione da 59 miliardi di Euro che ora dovrà affrontare lo scoglio dell’Antitrust.

E, normalmente, non mi esprimerei neanche su una cosa del genere: sono a malapena qualificato per parlare degli OGM da un punto di vista scientifico, ma queste questioni di agribusiness sono impestate e per economisti, esperti di policy, quella gente lì, non certo per uno come me che neanche sa compilare un 730.

Ma la reazione alla notizia su Internet, (o per essere più precisi, nella mia personale bolla), si è espressa soltanto come panico e dagli all’unitore, o “meh è una normalissima fusione come tante siete catastrofisti antiprogressisti “. Che, diciamolo, è la norma quando si parla di Monsanto e di OGM e argomenti polarizzanti di questo tipo. Vista la quantità di opinioni disinformate e ideologiche, tanto vale anche metterci la mia: come dico spesso, il nome del blog è scienza con saccenza, non scienza con cognizione di causa.

Per capire ciò che è problematico in questa fusione serve avere una vaga idea del contesto generale dell’Agribusiness, almeno a grandi linee. Tradizionalmente si individuano sei “Big Ag”, aziende agrifarmaceutiche che si dividono il mercato globale in termini di sementi, OGM e agrifarmaci: Basf, Bayer, Dow Chemicals, Dupont, Monsanto e Syngenta. Non esattamente un fiorire di libero mercato e concorrenza, ma questi erano, e sono da almeno 10 anni a questa parte, gli attori principali.

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Link Floyd – Links summer edition

In una speciale edizione due per uno, tutti i contenuti che avreste potuto leggere sotto l’ombrellone ma che invece leggerete di sforo mentre fate finta di lavorare.

Per cominciare, una buona notizia: presente quando avevo ***invitato con violenza verbale*** a donare per sequenziare il genoma di tutti i kakapi viventi?

40kakapi
I primi 40 sono fatti! Wiiii!

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L’inkganno – Links per Giugno 2016

Il mese di giugno è finito, pieno di eventi inquietanti di ogni sorta: per gli storici del futuro che tireranno fuori questo blog da una banca dati ammuffita, ecco una serie di link a cose interessanti pubblicate questo mese.

I miei post su NCLS di sto mese:

Sull’ancora non risolta crisi dell’Agar

Su come posso usare persino l’anniversario della pubblicazione principale di Mendel per le mie vendette personali contro l’Impact Factor

Per la mia serie “vediamo quanti articoli sulle politiche interne della scienza posso fare su Notte con le Stelle prima che qualcuno mi cacci a pedate “, un idea radicale per risolvere alcuni degli annosi problemi della peer review: abolire i referee

farage

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